устанавливаем систему с CD, вобщем установка на USB ничем не отличается от установки на HDD, только в процессе немного изменим разделы:

для / выделяем 1Гб

для /var выделяем 500Мб

для /home выделяем 100Мб

используем файловую систему ext2

отказываемся от swap'a желательно устанавливать чистую систему, без рабочих столов (X'ов)

устанавливаем самое необходимое и переходим к самому интересному

открываем файлик /etc/fstab и изменяем

/dev/sda1 на /dev/disk/by-id/usb-(бла бла бла ID вашего раздела 1Гб)                     /               ext2         errors=remount-ro          0            1

/dev/sda1 на /dev/disk/by-id/usb-(бла бла бла ID вашего раздела 500M,)                 /var          ext2         defaults                           0            2

/dev/sda1 на /dev/disk/by-id/usb-(бла бла бла ID вашего раздела 100Мб)                /home       ext2         defaults                          0            2

проверяем, все ли правильно сделали (ребут)

если все корректно загрузилось и примонтировалось редактируем загрузчик GRUB

открываем файл /boot/grub/menu.lst

листаем вниз и делаем приблизительно следующее

kernel                    /boot/vmlinuz-2.6.26-2-2686 root=UUID=(сюда пишем UUID вашего раздела на флешке размером 1Гб) ro

UUID можно посмотреть с помощью команды sudo blkid

после проделанных операций все заработало на другом компьютере, не зависимо от подключенных винтов, флешек, и прочего